Существуют следующие разновидности сякухати:

1. Гагаку сякухати использовалась в составе оркестра гагаку и является одной из наиболее ранних разновидностей, пришла в Японию из Китая. См. также Музыка Гагаку.
2. Тэмпуку отличается от классической сякухати несколько иной формой отверстия для рта и получила распространение на территории современной префектуры Кагосима в XII-XV вв. Этот вид сякухати изготовляется из тонкого и длинного отрезка бамбука и имеет 5 игровых отверстий.
3. Хитоёгири вырезается из одного колена бамбука и также имеет 5 игровых отверстий. Со второй половины XVII в. хитоёгири постепенно выходила из употребления и до нашего времени исполнение на этом виде музыкального инструмента не сохранилось.
4. Фукэ сякухати тоже имеет 5 отверстий для игры и отдельно выделяется тяжёлым и широким концом, который образуется корнем бамбука. В течение периода Эдо Фукэ сякухати находилась в исключительном ведении монахов секты Фукэ, поэтому очень часто этот вид флейты называется комусо сякухати.
5. Отдельно можно выделить нестандартные сякухати – с 7 и 9 отверстиями для игры, а также гибрид восточной и западной флейты – флейту с ротовым отверстием сякухати и клапанным механизмом флейты с Запада.