В период Нара в Японии также существовала флейта сякухати, но на ее верхней стороне было 5 игровых отверстий и одно на нижней стороне. Сякухати периода Нара пришла из Китая и исчезла в период Хейан. В период Муромати в Японию из Китая прибыла другая прямая флейта — Сяо, она была модифицирована и названа Хитойгири, что по-японски значит "одно колено бамбука".
Хитоёгири — это флейта маленького размера (примерно 33.3 сантиметра) с пятью игровыми отверстиями. Сперва на этой флейте играли нищенствующие монахи, а позже — представители низшего сословия самураев и купцы. В начале периода Эдо странствующие монахи Комусо буддийской секты Фуке начали использовать более длинные флейты длинной 1,8 японских фута для обязательной схимы нищенствования. Эта сякухати носит название Сякухати Фукэ. Отставной самурай Куросава Кинко (1710–1771), бывший учитель в храме, создал свой стиль исполнения, который больше походил именно на музыку, а не на медитативную практику, реформировав старый репертуар Фукэ и дополнив его собственными произведениями. В конце периода Эдо флейтисты школы Кинко начали участвовать в придворных ансамблях Кото, включавших в себя три инструмента: собственно кото, сямисэн и Кокю. Позднее старинный Кокю был заменен на сякухати.
Репертуар сольных пьес школы Кинко носит название Кинко Хонкёку ("Первичные пьесы" или "Главные пьесы"), а репертуар школы Кинко для ансамбля называется Гайкёку ("Внешние пьесы"). С тех пор, как сякухати стала музыкальным инструментом и начала сочетаться с Кото и Сямисэном, флейта стала популярной во всех слоях населения. В середине эры Мейдзи (1896) Накао Тодзан создал другую школу. Сегодня в Японии существует две наиболее многочисленных (музыкальных) школы. Секта Фукэ, развивавшая медитационный аспект, на сегодняшний день не существует, так как она была запрещена правительством Мейдзи в 1871 году.
Во главе каждого направления в стиле Кинко имеется свой сэнсэй:
Аоки Рэйбо II (Aoki Reibo II) возглавляет Рэйбо-кай (Reibo-kai). Это одна из самых распространённых школ на Западе благодаря деятельности ученика Аоки Рэйбо, сэнсэя Ронни Ниогэцу Сэлдин (Ronni Niogetsu Seldin).
Ямагути Горо (Yamaguchi Goro) являлся главой Тикумэйся (Chikumeisha). Он обучил много превосходных игроков. Некоторые из них, из-за отсутствия единого руководителя, основали свои школы и стили. Например, Танигути Йосинобу (Taniguchi Yoshinobu) возглавил Chikudo Kai Shakuhachi Association. Его же японское правительство попросило быть представителем японской музыки в США, Канаде, Франции и Китае. Эта школа также имеет сильное представительство на западе в лице John Singer, Christofer Blasdel, Ralph Samuelson, Ned Rothenberg и других сильных игроков.
Кавасэ Дзюнсукэ III (Kawase Junsuke III) — глава направления Тикую-ся (Chikuyu-sha). В США эту школу представляет David Wheeler, который организует ежегодный недельный сяку-лагерь на ранчо в штате Колорадо, куда приезжают сэнсэи из Японии.